Ретротранспозоны
Ретротранспозоны представляют собой группу транспозонов, механизм перемещения которых во многом совпадает с жизненным циклом ретровирусов. Этот механизм включает в себя процесс копирован™ (транскрипции) транспозонов, обратное копирование образовавшейся РНК в дуплексы ДНК и внедрение последних в случайные участки клеточного генома. Обратное копирование происходит с помощью обратных транскриптаз, обнаруженных сначала у ретровирусов fTemin, Mizutani, 1970; Baltimor, 1970), а затем даже у Е. coli (Lim, Maas, 1989). По этому признаку группа ретротранспозонов включает в себя сами ретровирусы, ретропозоны и ретрогены.
Ретровирусы. Они содержат однонитевую РНК длиной 6—9 тысяч нуклеотидов, на концах которой расположены прямые повторы R и примыкающие к ним уникальные последовательности: U5 на 5'-конце и U3 на 3'-конце. Между ними находятся три локуса — gag, pol и env, кодирующие полибелки Gag, Gag—Pol и Env. В капсиде находятся две молекулы РНК, интегра-за, обратная транскриптаза и клеточная тРНК (разная у разных вирусов). Молекулы тРНК служат праймерами в реакции обратной транскрипции для синтеза первой (-)-нити ДНК, связываясь для этого с вирусной РНК в сайте Р, расположенном в области \J5-gag. Для праймирования синтеза (+)-нити ДНК важен полипуриновый тракт Ри, находящийся в области e«v-U3. Сложная цепь полимераз-ных реакций завершается формированием линейной двунитевой ДНК, которая путем консервативной транспозиции с помощью интегразы внедряется в клеточную хромосому, образуя прови-рус. При этом, как и в случае фага Ми, генетические карты вирусной РНК и провируса оказываются одинаковыми. Всего в клеточном геноме появляется около десяти провирусов, через транскрипты которых и происходит размножение вирусов.
Провирусы ограничены длинными (250—1400 п.н.) концевыми повторами U3—R—U5, называемыми LTR (long terminal repeats), которые образуются в процессе обратной транскрипции за счет объединения и дупликации концевых участков вирусной РНК. На концах LTR, а следовательно, и провируса находятся короткие инвертированные повторы. Наличие прямых повторов ДНК-мишени (4—6 п.н.) дополнительно подчеркивает сходство провирусов с транспозонами.
LTR контролируют транскрипцию провирусной ДНК, так как в них находятся промотор (в U3), сайт полиаденилирования (в U5) и энхансер. Провирус транскрибируется в единую мРНК с промотора, находящегося в левом LTR, обеспечивая синтез полибелков Gag и Gag—Pol. Интересно заметить, что синтез полибелка Env происходит на субгеномной мРНК, которая образуется путем сплайсинга части вирусной РНК по сайтам Далее полибелки процессируются, превращаясь в десяток индивидуальных белков, в том числе структурных полипептидов и ферментов. В частности, интеграза, обратная транскриптаза и протеаза, которая ведет процессинг полибелков, кодируются областью pol. Транскрипты идентичны исходной вирусной РНК, поэтому они являются не только матрицами для синтеза вирусных белков, но и могут упаковываться в вирусные капсиды, инициатором чего служит сайт psi (*F) расположенный рядом с U5.
Инфекция клеток ретровирусами хотя и не вызывает их гибель, но и не безразлична для них. Провирус инактивирует ген, в который он интегрировался, и может активировать соседний с ним клеточный ген с помощью своего энхансера или транскрипции с промотора, находящегося в правом LTR. Подобная незапрограмми-рованная конститутивная экспрессия клеточного гена может привести к неконтролируемому делению клеток, если продукт гена каким-то образом влияет на их размножение. К такому же эффекту могут привести и мутации в некоторых генах. Подобные измененные гены называют клеточными онкогенами {с-опс), а их исходные аллели — протоонкогенами. Онкоген может оказаться и в составе вирусного генома. Вирусные онкогены {v-onc) имеют своих гомологов среди клеточных генов, но в отличие от них не содержат интроны. Очевидно, что они произошли от мРНК клеточных (прото)он-когенов, а онкогенные вирусы выступают в этом случае как природные векторы-переносчики генов. У разных вирусов гены v-onc внедряются в различные участки вирусного генома и часто вызывают их дефектность. Такие вирусы могут размножаться только в присутствии родственных недефектных вирусов.